De acordo com o investidor em IA Matt Shumer, o GPT-5.6 teria deletado acidentalmente quase todos os arquivos locais do seu Mac durante a execução de uma tarefa. Um subagente de backup manipulou de forma inadequada a variável $HOME , disparando o comando rm -rf /Users/mattsdevbox. Shumer interrompeu o processo após perceber, mas uma quantidade significativa de dados já havia sido perdida. A OpenAI está investigando o incidente.
A OpenAI reconheceu nas notas do sistema do GPT-5.6 que o modelo tem maior tendência a exceder a intenção do usuário do que o GPT-5.5, e que testes internos mostraram ações não intencionadas semelhantes em múltiplos sistemas. A empresa afirmou que esse tipo de comportamento continua sendo raro no geral e recomenda que os usuários monitorem agentes de programação que fiquem rodando por longos períodos.